Rok 2009, był to dobry czas dla rolników korzystających z unijnej pomocy finansowej. Na konta bankowe rolników oraz innych beneficjentów z terenów wiejskich Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa przekazała w 2009 r. około 18,7 mld zł, w tym blisko 7 mld zł z PROW 2007-2013. Kwota wypłacona w ciągu 3 lat z tego Programu wzrosła do ponad 11,37 mld zł i jest ponad dwukrotnie wyższa od zrealizowanej do końca 2008 r. Przyspieszenie wypłat umożliwiły wprowadzone zmiany organizacyjne i restrukturyzacja zatrudnienia w Agencji oraz pełne akredytacje przyznane przez ministra finansów na kolejne działania z tego programu. Przedsięwzięcia podjęte w Centrali i w biurach terenowych Agencji przyspieszyły przyjmowanie i rozpatrywanie wniosków oraz wypłacanie pomocy finansowej. Na sprawniejsze zarządzenie unijnymi funduszami wpływa też przeprowadzona  modernizacja infrastruktury informatycznej Agencji. Był to również rok dwóch ważnych dla ARiMR rocznic: 15-lecia wypełniania służebnej misji wobec wsi, rolnictwa i całego sektora rolno-spożywczego oraz 5-cio lecia funkcjonowania w strukturach Unii Europejskiej.
Zgodnie z zapowiedziami Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi, Marka Sawickiego, Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa rozpoczęła 16 października wypłacanie pieniędzy rolnikom prowadzącym działalność na terenach górskich i innych obszarach o niekorzystnych warunkach gospodarowania. Nigdy dotąd ARiMR nie rozpoczynała tak wcześnie realizacji tych dopłat, a sam proces wypłaty pieniędzy  przebiega bardzo sprawnie. Do 30  grudnia ARiMR przekazała na konta bankowe ponad 620 tys. rolników ponad 1 mld zł. Agencja wyda na realizację dopłat ONW za 2009 r. w sumie około 1,3 miliarda zł, a płatności te przysługują około 750 tys. rolników.
Niezwykle sprawnie przebiega realizacja płatności obszarowych za 2009 r. Pieniądze z tego tytułu ARiMR przelała do końca grudnia na konta bankowe ponad 745 tys. rolników. Otrzymali oni blisko 6,2 mld zł. Realizację tych dopłat Agencja rozpoczęła, zgodnie z prawem Unii Europejskiej, od 1 grudnia 2009 r. i powinna zakończyć do 30 czerwca roku następnego. Płatności bezpośrednie za 2009 r. przekazywane były w pierwszej kolejności rolnikom, których gospodarstwa ucierpiały z powodu klęsk żywiołowych. Ponadto właściciele dużych gospodarstw nie musieli czekać na te płatności dłużej niż pozostali rolnicy. Na realizację dopłat bezpośrednich za 2009 rok przewidziano łącznie około 12,6 mld zł. Jest to kwota o blisko 40% wyższa od tej, która wypłacona została za 2008 rok.
Główna uwaga ARiMR skupiała się na wdrażaniu Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007-2013. Jest to największy taki Program realizowany w Europie, którego budżet wynosi ok. 17, 2 miliardów euro. Agencja przeprowadziła drugi nabór wniosków na „Modernizację gospodarstw rolnych”, „Ułatwianie startu młodym rolnikom, „Różnicowanie w kierunku działalności nierolniczej,  „Zwiększanie wartości dodanej podstawowej produkcji rolnej i leśnej”, „Zalesianie gruntów rolnych oraz gruntów innych niż rolne”. Uruchomione zostały cztery nowe działania „Tworzenie i rozwój mikroprzedsiębiorstw”, „Uczestnictwo rolników w systemach jakości żywności”, „Korzystanie z usług doradczych przez rolników i właścicieli lasów” i „Odtwarzanie potencjału produkcji leśnej zniszczonego przez katastrofy i wprowadzanie instrumentów zapobiegawczych”. Oddziały Regionalne i Biura Powiatowe przyjęły ponad 50 tys. wniosków od beneficjentów ubiegających się o wsparcie finansowe z działań wdrażanych bezpośrednio przez ARiMR. Sześć działań, w ramach zadań delegowanych przez ARiMR, uruchomiły samorządy wojewódzkie a po jednym Agencja Rynku Rolnego i Fundacja Programów Pomocy dla Rolnictwa (FAPA). W ramach nowego programu operacyjnego dla rybactwa „Zrównoważony rozwój sektora rybołówstwa i nadbrzeżnych obszarów rybackich 2007-2013” ARiMR wdraża czternaście działań. Wsparcie wypłacane z tego Programu rybakom wynosi blisko 198 mln zł.

Wdrażane obecnie programy stawiają  na zrównoważony rozwój  rolnictwa i obszarów wiejskich, leśnictwa i sektora rybackiego, z poszanowaniem wymogów ochrony środowiska naturalnego oraz wpierają placówki kultury, które dbają o zachowanie regionalnych tradycji na wsi oraz wszelkie przedsięwzięcia na rzecz podnoszenia jakości życia mieszkańców wsi i ich aktywizacji zawodowej jak i społecznej.

Przeprowadzona w ARiMR restrukturyzacja zatrudnienia wzmocniła zespoły,  które zajmują się obsługą przyjętych wniosków. Przyspieszyło to rozpatrywanie wniosków i podpisywanie umów z beneficjentami. Agencja nadrobiła zaległości w obsłudze wniosków przyjętych w 2007 i 2008 r., które mogła rozpatrywać dopiero po otrzymaniu pełnej akredytacji na działania „Modernizacja gospodarstw rolnych”, „Różnicowanie w kierunku działalności nierolniczej” i „Zwiększanie wartości dodanej podstawowej produkcji rolnej i leśnej”, co nastąpiło w połowie października 2008 r. W drugim półroczu 2009 r. podpisywane były umowy także z beneficjentami, którzy składali wnioski o pomoc w tym roku. W sumie Agencja  zawarła z beneficjentami ubiegającymi się o wsparcie inwestycji z PROW 2007-2013 ponad 30 tys. umów o przyznaniu pomocy. Około 20 tys. rolników wypłacone zostało  wsparcie finansowe, w tym dla kilkunastu tysięcy inwestujących w modernizację gospodarstw.

W ARiMR dokonano w mijającym roku szczegółowego przeglądu i weryfikacji procedur wszystkich działań pomocowych PROW, żeby zapewnić bardziej dogodną obsługę beneficjentów. Przebudowany i zmodernizowany został system informatyczny ARiMR, tak aby sprostał potrzebom wynikającym z nowych programów pomocowych i nowych zadań nałożonych na Agencję, a dotyczących m.in. kontroli. System informatyczny ARiMR przyłączono do sieci elektronicznej o dużej przepustowości łącz,  które zapewniają kilkakrotnie szybszą transmisję danych oraz wyższy poziom bezpieczeństwa przesyłanych informacji. Do tej sieci podłączone są Centrala ARiMR oraz wszystkie Oddziały Regionalne i Biura Powiatowe. Nowa sieć jest nie tylko znacznie sprawniejsza i wydajniejsza, ale również tańsza w eksploatacji od dotychczas wykorzystywanej. W maju została zmodernizowana infrastruktura informatyczna do przeprowadzania kontroli w systemie GIS/LPIS. Pozwala to na przeprowadzanie kontroli administracyjnej zgodnie z harmonogramem przy zminimalizowaniu w ARiMR pracy w trybie dwuzmianowym.

W 2009 r. kontynuowano w ARiMR prace związane z modernizacją, aktualizacją oraz rozwojem baz danych systemu LPIS/GIS, który umożliwia identyfikację działek rolnych w oparciu o ortofotomapy. System ten, obejmujący zgodnie z wymogami Komisji Europejskiej cały kraj, jest dostosowywany również do potrzeb wynikających z PROW 2007-2013 i przeprowadzanych od 2009 r. kontroli wymogów wzajemnej zgodności. Na podstawie nowych zdjęć lotniczych opracowana jest dokładniejsza, kolorowa, cyfrowa ortofotomapa dla obszaru 85 tys.km2. Trzeba tu zaznaczyć, że ortofotomapy muszą być wymieniane w cyklu co najwyżej pięcioletnim, aby odzwierciedlały w sposób najbardziej wiarygodny faktyczne powierzchnie użytkowane rolniczo kwalifikowane do płatności, które każdego roku mogą się zmieniać w wielu gospodarstwach rolnych w wyniku ich powiększania, czy też prowadzonych tam inwestycji. Z powyższych powodów zatem stałym procesem w Agencji jest  weryfikowanie danych zawartych w bazach referencyjnych systemu LPIS. Chodzi o to, aby informacje zawarte w rejestrach podmiotowych (ewidencja producentów) i przedmiotowych (m.in. powierzchnia kwalifikowane do płatności) prowadzonych przez ARiMR były zgodne ze stanem faktycznym. Granice powierzchni kwalifikowanych do płatności są również aktualizowane na podstawie wyników kontroli administracyjnych, zmian naniesionych przez rolników na załącznikach graficznych składanych wraz z wnioskami o przyznanie płatności bezpośrednich oraz w oparciu o wyniki  kontroli na miejscu, jakie w wytypowanych gospodarstwach prowadzone są metodą inspekcji terenowej lub FOTO. W pierwszym etapie aktualizacji poddane zostały przetwarzaniu dane dotyczące 189 172 działek ewidencyjnych.